1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
1. 本课题的意义：水稻是世界主要粮食作物,占据世界人口一半以上的亚洲、非洲及拉丁美洲国家人民多以水稻作为主要食物来源。
中国是世界上最大的水稻生产国,水稻种植面积和总产量分别占据世界的第二和第一位。
随着表观遗传学的发展，进一步的研究水稻的组蛋白修饰和组合模式，对组合模式的功能进行分析对水稻育种等产业的发展具有重要的意义。
2. 研究的基本内容和问题
1. 研究目标：根据已公布的水稻基因组序列，以及已有的ChIP-seq数据为基础。
根据组蛋白密码的相关理论，不同类型组蛋白修饰是组合出现并且共同形成特定结构影响水稻的一系列基因表达的，我们的目标就是寻找这个理论的根据和事实基础，以及组蛋白修饰如何与基因表达调控相互关联。
2. 研究内容：通过对水稻不同部位，不同组蛋白修饰类型数据的生物信息学分析，根据实验得到的片段在基因组上覆盖的特征、分布的丰度，和不同类型的组蛋白修饰彼此的依赖性，研究可能在基因组上共同出现、作用紧密相关、并且共同形成功能性结构的不同类型组蛋白修饰，挖掘海量数据背后不同生物学过程的潜在联系。
3. 研究的方法与方案
1. 研究方法：运用表观遗传学和生物信息学的方法对相关实验数据，分析组蛋白组合的模式，并将各组合模式进行相关功能分析。
2. 技术路线：见附件3. 实验方案：（1）将ChIP-seq的reads进行质量检测；（2）用软件bowtie1测序reads的基因组位置信息。
（3）用软件MACS14 进行峰检测，得到峰的位置和强度信息。
4. 研究创新点
特色或创新之处本研究主要特色是利用生物信息学与表观遗传学分析方法相结合，探究水稻组蛋白修饰的组合模式。
创新之处在于，根据已有的测序数据，利用生物信息学分析水稻组蛋白修饰的组合模式，探寻组蛋白修饰与转录调控网络的关系。
同时利用聚类分析，研究不同组合模式对于基因表达等的影响，对于水稻的表观遗传有更加多层次，深入的理解。
5. 研究计划与进展
1 研究计划：（1）2015.09-2015.10 在实验室学习相关技术，熟悉Linux系统及相关软件的使用。
（2）2015.11-2015.12 学习Python，R等相关语言，掌握基本的生物信息学数据分析方法。
（3）2016.01-2016.02 将已有的ChIP-seq数据进行相关的流程分析，得到峰的位置和强度信息。
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